Das Marienheim wurde im Bombenhagel der Royal Air Force, der in in einer Nacht im August 1943 auf den Stadtteil Wöhrd und die Harmoniestraße niederging, mitsamt der katholischen St. Josef-Pfarrkirche, zerstört. Nach dem 2. Weltkrieg, in den Jahren 1951 bis 1952 und 1958 bis 1959, erfolgte dann der Wiederaufbau. Das war dank der Unterstützung des Erzbistums Bamberg, der Deutschen Post, des Bundesarbeitsamtes sowie durch staatliche Unterstützung möglich. Damals bot das Marienheim für 180 Mädchen einen Wohnheimplatz.
Seit Anfang der fünfziger Jahre bis ins Jahr 1974 leiteten die „Schwestern von der Heiligen Familie“ das Marienheim. Diese Schwesterngemeinschaft wurde 1914 von dem Münchner Priester Anton Pichlmair gegründet. Ihr Anliegen war es, die Familien im christlichen Geist zu unterstützen und zu erneuern. Sie führten aber auch Wohnheime, wie das Marienheim, für berufstätige Mädchen, die vom Land in die Stadt gekommen waren und sorgten für Obdachlose.
Anfang der achtziger Jahre wurde das Marienheim konzeptuell neu ausgerichtet und der pädagogische Bereich räumlich erweitert. Jungen Frauen sollten Bildungsmöglichkeiten aufgezeigt werden und sie sollten motiviert werden, einen Beruf zu ergreifen. Hierzu wurden bereits Anfang des 20. Jahrhunderts entsprechende Kurse angeboten. In den achtziger Jahren bis Ende der 90er Jahre entwickelte sich in den Räumen des Marienheims auch die katholische Bildungsstätte der Stadtkirche „Jugend und Familie“, die ein umfangreiches Programm erstellte, das auf sehr gute Resonanz stieß.